Introduction sur les milieux humides 

Les milieux humides sont des milieux à l'interface entre la terre et l'eau, qui constituent un patrimoine exceptionnel en raison de leur richesse écologique et des nombreux services écosystémiques qu'ils assurent. Ils peuvent être de typologies différentes (prairies, forêts humides, roselières,…) et de surfaces variées (quelques mètres carrés à plusieurs centaines d'hectares) mais leur fonctionnement est toujours dépendant des conditions d'alimentation en eau (crues, nappes d'accompagnement, sources,…) ainsi que des capacités de rétention des sols. Les prairies inondables constituent par exemple des sites de nidification pour certaines espèces d'oiseaux, des zones de reproduction et de croissance pour certains poissons d'intérêt patrimonial.

Cependant, la préservation et le bon fonctionnement de ces milieux ont été altérés par l'intensification des activités économiques (implantation de cultures et de peupleraies, extraction de sables et de graviers, remblais consécutifs aux travaux d'urbanisation, …).
On estime ainsi que plus de 2/3 des zones humides ont disparu sur le territoire national. Toutes ces activités ont un impact non négligeable sur les milieux humides mais entrainent également la fragmentation, la banalisation et l'artificialisation des paysages. Ces modifications provoquent une érosion de la biodiversité en diminuant les capacités de dispersion et d'échanges entre les populations faunistiques comme floristiques. Aujourd'hui, le changement climatique devient une pression supplémentaire sur les milieux humides. Les services écosystémiques associés aux milieux humides seront affectés et leurs fonctions seront réduites. Face à ces changements annoncés, il devient urgent de maintenir les fonctions assurées par les milieux humides, notamment à travers des activités de gestion, de conservation ou de restauration.

C'est dans ce contexte que la prise en compte des milieux humides dans les textes de loi s'est organisée, d'une part à l'échelle Européenne avec la Directive Cadre sur l'Eau (2000) mais également à l'échelle nationale avec le SDAGE Rhône-Méditerranée qui fixe la stratégie pour l'atteinte du bon état des milieux aquatiques en 2027. 

De plus, la Stratégie nationale biodiversité présentée le 27 novembre 2023, dont l'une des mesures vise à restaurer 50 000 hectares de zones humides d'ici 2026 (mesure 25) coïncide avec le lancement du plan de Gestion des Milieux Humides du Comité de rivières Morthe, Romaine et Petits Affluents de la Saône.

Ce plan de gestion stratégique des milieux humides, impulsé par le contrat de bassin, permet de répondre aux objectifs du SDAGE et plus particulièrement à l'orientation fondamentale « OF6B : Préserver, gérer et restaurer les zones humides ». 

Cet outil propose une vision globale et concertée sur la préservation et la restauration des milieux humides sur un territoire donné. Grâce au travail du Pôle Milieux Humides du Conservatoire des Espaces Naturels (CEN) de Franche-Comté, de la compilation de toutes les données existantes ainsi que de la mise à disposition de leur outil de priorisation des milieux humides, cela a permis d'établir et de proposer un plan de gestion stratégique des milieux humides évolutif pour une durée de 10 ans.

Plan de Gestion Stratégique des Milieux Humides

Cette définition des « milieux humides » est plus large que la définition réglementaire des « zones humides », qui a été adoptée dans l'arrêté du 1er octobre 2009 et qui a modifié l'arrêté du 24 juin 2008 en établissant les critères de définition et de délimitation de ces zones en vertu des articles L. 214-7-1 et R. 211-108 du code de l'environnement. Cette définition est un compromis entre la définition générale des milieux humides telle qu'elle est définie dans la loi sur l'eau et les enjeux socio-économiques qui y sont liés.

L'arrêté du Conseil d'Etat de 2017 vient apporter des modifications sur cette définition. Il estime que les deux critères sol hydromorphe et végétation hygrophile devaient être constatés pour définir une zone humide :
« Une zone humide ne peut être caractérisée, lorsque de la végétation y existe, que par la présence simultanée de sols habituellement inondés ou gorgés d'eau et, pendant au moins une partie de l'année, de plantes hygrophiles ».

Les conséquences de ce changement sont nombreuses, tout d'abord il vient infirmer les précédents inventaires, ensuite cela rend beaucoup plus difficile l'évaluation car dans le cas d'une culture, la végétation spontanée est absente. Face aux nombreuses restrictions abusives de cet arrêté une nouvelle loi apparait. C'est l'article 23 de la loi n°2019-773 du 24 juillet 2019 : Au 1° du I de l'article L.211-1 du code de l'environnement, les mots : « temporaire ; la végétation » sont remplacés par les mots : « temporaire, ou dont la végétation » » .

L'arrêté détermine deux critères permettant de considérer qu'un milieu est humide. Le premier est relatif à la végétation caractérisée par des espèces ou des communautés végétales indicatrices des zones humides. Le second fait référence au type de sol et notamment à la présence de traces d'hydromorphie à moins de 50 cm de la surface et s'intensifiant en profondeur. Ce critère est notamment utilisé lorsqu'aucune végétation spontanée des zones humides n'est réellement visible comme dans le cas de milieux cultivés.
Le quatrième Plan national zones humides 2022-2026 est une déclinaison de la Stratégie nationale biodiversité 2030. Il poursuit les efforts engagés dans le prolongement du précédent plan (2014-2018) et amplifie les actions en faveur de la connaissance, de la protection et de la restauration des milieux humides (Ministère de la transition écologique, 2022).

Fonctions hydrologiques 

Les milieux humides jouent un rôle d'« éponges naturelles » qui absorbent, stockent et restituent l'eau.

Grâce à cette fonction, ils permettent de réguler les inondations et de ralentir les débits d'écoulement de l'eau pendant les saisons des pluies, en stockant l'eau et en retardant ainsi l'écoulement des eaux de pluie vers les cours d'eau situés en aval. Ces milieux jouent donc un rôle dans la prévention des inondations. Ils favorisent également la recharge des nappes phréatiques, par infiltration des apports d'eau stockés par le milieu humide. Ces procédés ne peuvent être réalisés que sur des substrats perméables ou semi-perméables tout au long de l'année. Les milieux humides limitent donc l'assèchement des eaux souterraines lors des périodes chaudes. Enfin, ils assurent un soutien d'étiage aux cours d'eau pendant les périodes de sécheresse en redonnant progressivement l'excédent d'eau stocké pendant la saison des pluies. Ce type de mécanisme est généralement associé à un groupe de milieux humides situés à l'intérieur d'un bassin versant plutôt qu'à des milieux humides isolés. Cela dépend en grande partie des caractéristiques du milieu humide (nature, superficie, …) et de sa localisation au sein du bassin versant (en amont, en altitude, …). (Rapin A. et al., 2021)

Fonctions physiques et biogéochimiques

Les milieux humides contribuent au maintien et à l'amélioration de la qualité de l'eau. Ils constituent de véritables filtres naturels épurateurs jouant à la fois un rôle de filtres physiques en retenant voire en éliminant les matières en suspension, les polluants (métaux lourds, produits phytosanitaires, …) et les nutriments notamment par le biais de végétaux. De plus, ils agissent aussi comme des filtres biologiques, en effet, ils sont le siège de nombreuses réactions biogéochimiques, en lien avec la présence de bactéries présentes dans le sol et dans les sédiments. De cette manière, ils contribuent à réguler les éléments nutritifs (azote, nitrates, et phosphates), par des processus de dénitrification et de déphosphatation, généralement responsables d'une eutrophisation des milieux aquatiques. Les milieux humides favorisent également les dépôts de sédiments.

Services rendus par les milieux humides

Grâce à leur fonctionnement, les milieux humides offrent de nombreux services. Il est possible de distinguer des services d'approvisionnement (agriculture, eau…), des services de régulation (épuration des eaux…), et des services culturels (loisirs, paysages, …)

Les services d'approvisionnement

Tout d'abord, les milieux humides fournissent des produits essentiels à la société, qu'il s'agisse de ressources naturelles ou de productions agricoles. En raison de leurs fonctions hydrologiques, les milieux humides peuvent fournir de l'eau aux aquifères et aux rivières. Ils contribuent donc à l'approvisionnement en eau pour la consommation humaine ainsi qu'aux besoins associés aux activités agricoles et industrielles.
Les milieux humides offrent une grande diversité de produits, qui est directement associée à leur capacité élevée à produire de la biomasse. Ces matières premières peuvent être employées dans divers domaines tels que la construction (bois, roseaux, …), l'artisanat (vannerie, poterie, …) ou le chauffage (bois de feu, tourbe).


La production des milieux humides peut aussi provenir de l'agriculture ou de l'élevage, dans le but de nourrir les êtres humains et les animaux :
- Production agricole (prairies, pâturage, riz, fruits, produits maraîchers, sel, cressonnières, exploitation forestière, roseaux, …)
- Production halieutique (pêche, pisciculture, conchyliculture).
Selon les régions du monde, ces produits sont inclus dans des économies de subsistance ou de vente, contribuant ainsi au développement local.

La reconnaissance de la qualité de nombreux produits provenant des milieux humides se fait grâce à l'attribution d'appellations et de labels. En collaboration avec le ministère de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche, il est essentiel de mettre en avant ces initiatives et démarches de labellisation.
Effectivement, ces labels honorent non seulement la qualité des produits, mais aussi la gestion efficace du milieu qui les produit. Le concept « d'usage rationnel » des milieux humides assure :
- La durabilité d'un tissu socio-économique local,
- La préservation de ces écosystèmes au bénéfice du plus grand nombre.
Les milieux humides ne sont donc plus considérés comme une contrainte environnementale, mais plutôt comme un outil de développement rural qui respecte leurs fonctions écologiques. Certaines régions ont développé des marques afin de promouvoir leurs produits dans le cadre d'une approche respectueuse de l'environnement.

Les services de régulation

Les milieux humides jouent un rôle discret mais indispensable dans la prévention des risques naturels (inondations, sécheresses), dans l'épuration de l'eau (épuration des eaux usées) ainsi que dans la protection et la conservation de la biodiversité (refuges pour pollinisateurs, …). Il existe des problèmes majeurs liés à l'alimentation humaine en raison de l'excès de nitrates, de phosphates et de pesticides. Les milieux humides jouent un rôle de zones tampons qui permettent de purifier l'eau en capturant ou en transformant les éléments nutritifs en excès, les particules fines et certains polluants, grâce à des mécanismes physiques, géochimiques et biologiques. Ils jouent également un rôle sanitaire. Le gain sur les dépenses de traitement d'eau potable pour la société est estimé à 2000 euros par hectare et par an (figure 3).

Les milieux humides servent de réservoirs naturels et contribuent à prévenir les inondations. Grâce à leur capacité de stockage d'eau, ils réduisent l'intensité des crues et, à l'inverse, ils renforcent les débits des cours d'eau pendant les périodes d'étiage (basses eaux). Ils jouent également un rôle de stabilisation et de protection des sols, en effet, une végétation adaptée à ce milieu ancre les berges des rivières et les littoraux, ce qui aide à protéger les terres de l'érosion.
En tant que puits naturels de carbone, les milieux humides participent à la régulation du climat, dans le contexte de changement climatique. Ils peuvent influencer localement les précipitations et la température atmosphérique via les phénomènes de transpiration et d'évapotranspiration, et peuvent ainsi modérer les effets de sécheresse. Les milieux humides sont les plus importants puits de carbone naturels. Les conditions anaérobies (pauvres en oxygène) empêchent les organismes vivants de décomposer la matière organique, y compris le carbone organique, qui est ainsi accumulé au fur et à mesure que la tourbe se forme à partir des végétaux morts. Le carbone est également séquestré par la végétation, via la photosynthèse. De plus, certains milieux humides ont la capacité d'atténuer la puissance des tempêtes, la force et la vitesse des vagues. 

Les services culturels et sociaux 

Les milieux humides ont joué, et jouent toujours, un rôle essentiel dans notre vie sociale et culturelle. Dans le passé, un grand nombre de civilisations ont pu naître et prospérer à proximité des cours d'eau ou des côtes. Les estuaires, les deltas et les rivières ont accueilli ports et places commerciales depuis des millénaires. Ces peuples ont pu construire des relations étroites avec ces espaces naturels. C'est également le cas pour les sociétés contemporaines, en effet, ceux-ci sont des lieux de détente, de rencontres et de loisir. Ils nous offrent un riche patrimoine paysager, source d'inspirations et d'émotions renouvelées.
La qualité paysagère des milieux humides n'est plus à démontrer, ce qui en fait des espaces de loisirs et de partage importants. De plus, ces lieux constituent un véritable attrait pour les populations, en effet ce sont aussi le support d'activités touristiques ou récréatives, socialement ou économiquement importantes telles que les randonnées, la pêche de loisirs, la chasse, ou encore certains sports aquatiques (figure 3). A côté de cette fréquentation croissante, un tourisme dit « vert » plus respectueux de l'environnement se développe dans les espaces naturels (Services rendus | Zones Humides, 2023).

Les atteintes et menaces

Les milieux humides du territoire du Comité de Rivières

D'où viennent les données ?

L'inventaire des milieux humides de Bourgogne-Franche-Comté a été réalisé en plusieurs temps. En effet, les premières données ont été recensées par la DREAL à la fin des années 90. Ces inventaires ont répertorié les milieux humides de plus d'un hectare et étaient uniquement basés sur les résultats floristiques. Celui-ci a été complété en grande partie par le département de la Haute-Saône en 2010. La figure 11 montre la répartition de la surface des milieux par maitre d'ouvrage. Il était basé sur des données floristiques et pédologiques. Les inventaires ont été réalisés d'après la séquence ERC (Eviter-Réduire-Compenser). Cette première étape a permis de compiler l'intégralité des données bibliographiques et cartographiques disponibles dans le territoire d'étude afin d'obtenir un inventaire le pus exhaustif possibles des milieux humides. Cet inventaire prend la forme d'une base de données cartographique des sites sous SIG.

Les Arrêtés ministériels du 24 juin 2008 et du 1er octobre 2009 précisent les critères de définition et de délimitation des milieux humides.

Les critères retenus par les arrêtés sont :

• Un critère pédologique (analyse de l'hydromorphie des sols) ;
• Un critère végétation (expertise des habitats naturels et de la végétation).

Ces deux critères sont cumulatifs ou suffisants : il suffit que l'un des deux critères soit rempli pour qu'un terrain puisse être qualifié de milieu humide.

État des lieux des milieux humides du territoire

Le territoire compte 11 081 hectares de milieux humides cartographiés et recensés dans la base de données régionale BDMH. En tenant compte de la superficie totale du périmètre du comité de rivières, l'ensemble des milieux humides représente 8,6%.
 
Les milieux humides inventoriés sur le territoire se répartissent en 7 grands types d'habitat :

• Cultures et plantations (35%) dont des cultures et des plantations de feuillus, cependant même s'il est parfois difficile de caractériser le caractère humide des parcelles (horizons du sol déstructurés par le labourage, peuplements végétaux cultivés) hors présence d'eau stagnante (qui peut également être liée au compactage des sols par les engins, les rendant moins perméables) ;
• Prairies humides (32%) dont des prairies humides fauchées ou pâturées ainsi que des prairies naturelles et landes humides ;
• Autres types de milieux humides (24%) dont une grosse majorité de mosaïques complexes d'habitats humides, mais également de milieux humides dont l'habitat n'a pas été renseigné;
• Forêts humides (7%) dont des bois marécageux, des forêts humides de bois dur, de bois tendre ; ce faible pourcentage peut être expliqué par le fait que d'une manière générale ces milieux ont été moins prospectés que les milieux ouverts et peuvent donc être considérés comme lacunaires.
• Rivières, plans d'eau, mares et milieux humides associés (2%) ;
• Marais et tourbières (moins d'1%) dont des bas marais alcalins et acides, des cariçaies, jonchaies et des roselières et tourbières hautes ;
• Milieux humides anthropisés (moins d'1%) dont des vergers et bosquets, des carrières et gravières ainsi que des friches et des fossés.